El Proyecto Educativo del Colegio Fasta Juan Pablo II comienza en el Nivel Inicial como espacio privilegiado para la formación integral y el despliegue de todas las dimensiones de la personalidad infantil. El Nivel Inicial, inserto en el sistema escolar, es el responsable de comenzar la tarea sistemática e intencional de promover la adquisición de hábitos operativos buenos, en el orden al desarrollo perfecto de las potencialidades y facultades de los pequeños. Las salas de 3 y 4 cuentan con dos docentes de manera permanente, permitiendo una educación personalizada. Además, los alumnos cuentan con dos estímulos semanales de inglés, educación física y catequesis.